Grâce à ses caractéristiques océanographiques et aux paysages terrestres variés qui composent les Îles de la Madeleine, cet archipel favorise la présence d’une grande diversité d’espèces fauniques. Plusieurs de ces espèces sont absentes ou rares à une telle latitude. 

Environ 300 espèces d’oiseaux fréquentent l’archipel ou y font escale lors de leurs migrations. C’est aussi un repaire pour les phoques et certains cétacés qui viennent s’alimenter et mettre bas. De nombreuses espèces de poissons, de crustacés et de mollusques sont au cœur de l’économie locale des îles : une bonne partie des 12 000 habitants des Îles vivent en effet de l’exploitation du crabe des neiges, du homard d’Amérique, des pétoncles géants ainsi que d’espèces commerciales de poissons comme le hareng atlantique, le maquereau bleu et la plie canadienne. Le tourisme est l’autre secteur économique le plus important.